Opat Václav Mayer se v poslední čtvrtině 18. století vybudovat pro četné přírůstky knihovny nové knihovní prostory. Na místě původní sýpky nechal pro tento účel vystavět Filozofický sál. Tento sál byl vybudován Janem Ignáciem Palliardim, naturalizovaným italským architektem. Průčelí bylo vybudováno již v roce 1783, interiér z ořechového dřeva byl převezen ze zrušeného premonstrátského kláštera v Louce u Znojma. Rozměry budoucího sálu byly přizpůsobeny rozměrům polic. Interiér byl instalován v letech 1794 – 1797 jeho původním autorem Janem Lahoferem z Tasovic a upraven do raně klasicistní podoby. Udivující rozměry sálu (délka 32m, šířka 10m a výška 14m) jsou umocněny monumentální nástropní malbou, kterou vytvořil vídeňský malíř Franz Anton Maulbertsch. 8. srpna 1793 začal opat jednat s F. A. Maulbertschem, jehož fresky poznal v Louce, kde Maulbertsch vymaloval roku 1776-78 strop knihovny freskou „Duchovní vývoj lidstva“. Základní myšlenkou bylo znázornit, jak filozofie a vědy současně s náboženstvím se od počátku světa zdokonalovaly, až konečně vyspěly ke křesťanství. Jako záruka tomuto hledání je postavena do středu fresky Boží Prozřetelnost, obklopená ctnostmi a neřestmi. Vývoj lidstva počíná jeho úsvitem, který je spojen se starozákonními motivy. V centru dění jsou tu desky s Desaterem a Mojžíš, za nimi se nachází Archa úmluvy. Mezi dalšími je tu vyobrazen Adam s Evou, Kain a Ábel, Noe, Šalamoun a David. Na levé straně sledujeme vývoj řecké civilizace od mythických dob přes dobu Alexandra Velikého až k filozofům Sokratovi, Diogenovi a Démokritovi. Na pravé straně je zobrazen vývoj věd (např. Aeskulapos, Pythagoras, Sokrates ve vězení. U nápisu Wenceslaus Secundus, hic primus, který sděluje, že zakladatel sálu Václav Mayer byl druhým opatem se jménem Václav, v knihovně však prvním, je zobrazena skupina poražených bludařů jako narážka na francouzské encyklopedisty. Jejich Encyklopedie je však uložena v sále mezi prvními svazky, což svědčí o liberalitě tehdejšího ovzduší na Strahově. Na protější straně lze vidět především novozákonní motiv – řeč sv. Pavla u oltáře neznámého boha na Areopágu v Athénách. V pravém rohu stojí český zemský patron sv. Václav, v levé ruce třímá prapor se svatováclavskou orlicí. Stařena u jeho pravé ruky je jeho babička sv. Ludmila. Pod ním, mezi čtyřmi církevními otci Jeronýmem, Ambrožem, Augustinem a Řehořem stojí i sv. Metoděj, který christianizoval Velkou Moravu, a druhý pražský biskup sv. Vojtěch. Jako poslední v řadě s ozářenou tváří a s opatskou berlou v ruce hledí do sálu jeho zakladatel opat Václav Mayer. Napravo od něj klečí další čeští zemští patroni sv. Jan Nepomucký a sv. Norbert, zakladatel premonstrátského řádu. Na přelomu 19. a 19. století se knihovna stala proslulou v evropském kulturním prostředí. Četné návštěvy významných osobnosti byly již od roku 1792 zachycovány v nejstarší knize návštěv. Do knihovny, které ovšem vládla klášterní klausura, byl zprvu ženám přístup umožňován jen sporadicky. Jednou z prvních byla lady Emmy Hamilton, která knihovnu navštívila v r. 1800 spolu se svým manželem, britským archeologem a státníkem, sirem Williamem Hamiltonem, a svým milencem, vítězem od Trafalgaru, admirálem lordem Horatiem Nelsonem. Další významnou ženou, která navštívila knihovnu 17. června 1812 byla rakouská rakouská princezna a choť Napoleona Bonaparte Marie Ludvika. Na podzim téhož roku poslala Strahovské knihovně kromě dalších knih a vídeňského porcelánového servisu čtyřsvazkové dílo o prvním museu v Louvru. Když byla tato exkluzivní publikace dokončena rozkázal údajně Napoleon zničit celý náklad a ponechal si pouze tři nebo čtyři kompletní řady. Obával se totiž, že jeho pověst bude poškozena tím, že je v díle uveden původ celé řady exponátů, uloupených především v Itálii. Knižní dar byl uložen v přebudované vysoké skříni, která dominuje ostatnímu nábytku v sále. V sálu je umístěna busta strahovského bibliotékáře a archiváře převora Cyrila Straky, který se podílel významnou měrou nejen na katalogizačních pracích, ale i na zpřístupňování knihovních a archivních materiálů veřejnosti především v první čtvrtině 20. století. Byl také jedním z nejlepších znalců české knižní vazby. Právě on pojmenoval sály knihovny podle tradičního rozdělení studií na Filozofický a Teologický sál. Kromě filosofie, která původně v sobě slučovala všechny vědy, tu můžeme najít díla i z oblasti dalších věd, které byly vyučovány na univerzitách, tedy astronomická, matematická, historická, filologická a další. Celkový počet svazků v tomto sále přesahuje 33 000 kusů.
Historie Strahovské knihovny a virtuální prohlídka obou sálů je k dispozici zde.
