Restaurování Filozofického sálu provádí na základě výsledků výběrového řízení firma GEMA ART GROUP a. s. Rekonstrukce začala 7. července 2009. V první fázi budou provedeny přípravné práce, demontáž parketové podlahy a odstěhování knih ze sálu.
Červenec 2009: ze sálu byl odstěhován mobiliář, částečně odstěhovány knihy, a probíhala pasportizace a zaměření parketové podlahy. Podlaha se skládá z 556 parketových čtverců (dohromady je to více než deset tisíc jednotlivých kusů dřeva), které jsou na vrstvě pilin upevněny na spodní prkenné podlaze. Parketové čtverce budou demontovány a restaurátorsky ošetřeny.
Srpen 2009: ze sálu byly odstěhovány zbylé knihy a postaveno lešení pro snadnější přístup restaurátorů ke skříním. Byla demontována parketová podlaha. Probíhá pasportizace a detailní průzkum skříní.
Září 2009: bylo provedeno roztřídění parketových čtverců kazetové podlahy do čtyř skupin podle míry poškození. Pro každou ze čtyř skupin se na vybraném vzorku parket provádí zkouška čištění a restaurování, následně bude provedeno restaurování v plném rozsahu. V celém sále bylo namontováno lešení. Byl zhotoven restaurátorský průzkum mobiliáře (např. dřevěných historických skříní), provádí se průzkum kazetové podlahy a rovněž byl zahájen průzkum nástropní malby.
Říjen 2009: Ze skříní byly částečně demontovány odnímatelné ozdobné prvky a restaurátoři začali s odstraňováním vrstev starých laků. Pokračoval průzkum nástropní malby, především s ohledem na rozsah novějších přemaleb, na stará zatečení a poškození malby a na praskliny v klenbě.
Listopad a prosinec 2009: Probíhá snímání starých laků a nátěrů z knihovních skříní, byly demontovány odnímatelné prvky, u nichž je nutné provést další opravy (dvířka od spodních částí skříní, police na knihy, zábradlí na galerii, kde se bude vyměňovat podlaha). Nástropní malba byla očištěna od prachu a nečistot a z praskliny, která bude nově ošetřena, vyňaty vypadávající části tmelů.
Leden až březen 2010: Po očištění knihovních skříní jsou vnitřky výklenků na knihy nově natírány modrou barvou ve stejném odstínu jako předchozí s odolnějším složením. Začíná obnova zlacení neodnímatelných dekorativních prvků, schválena je definitivní úprava povrchů skříní. Prasklina na nástropní malbě byla zatmelena.
Duben a květen 2010: Bylo dokončeno restaurování nástropní malby a sňato lešení, které ji zakrývalo. Přes pokračující restaurátorské práce na skříních je opravená malba nyní viditelná i pro běžné návštěvníky knihovny.
Červen a červenec 2010: Probíhají finální povrchové úpravy korunní římsy a táflování ve dveřních a okenních nikách. Pokračují restaurátorské práce na historických knihovních skříních a kazetové parketové podlaze. V červenci jsou prováděny také zlatnické práce na řadě historických prvků (například na táflování v okenních nikách, na římse a zábradlí na ochozu, na knihovních policích). V restaurátorských ateliérech pokračují práce na dřevených sochách andělů (v životní velikosti).
Srpen a září 2010: Byla dokončena povrchová úprava skříní (kromě odnímatelných prvků, jejichž pozlacování ještě probíhá), dokončuje se povrchová úprava dveří a dvířek. Na začátku září začalo stěhování knih zpět do sálu. Bylo nainstalováno a odzkoušeno nové osvětlení. Postupně je demontováno lešení a osazována podlaha na galerii.
Říjen a listopad 2010: Knihy byly nastěhovány zpět do sálu, dokončeno zlacení skříní a odnímatelných prvků, které byly připevněny zpět na původní místa. V závěrečné fázi rekonstrukce byla nazpět osazena parketová podlaha.
Po slavnostním otevření 9. prosince 2010 je knihovna opět zpřístupněna veřejnosti.
